1、当发现备用电源柴油发电机进水，如果发电机组在运行就立刻关机，在停机状态则不允许开机。
2、然后将备用电源柴油发电机的一边用硬物支撑起来抬高，使发动机油底壳放油部位处于最低位置，旋下放油螺塞，拔出油标尺，使油底壳内的水自行流出。当流至刚要放出机油时应略让机油和水一起放出一部分后旋上放油螺塞。
3、拆下空气滤清器，换下新的滤芯并且用油浸。
4、下面拆卸下进、排气管及消声器，排除掉管内的水。打开减压，摇转柴油机发电，观察进、排气口是否有水排出，若有水排出则继续摇转曲轴，至气缸内的水全部排净。装上进、排气管及消声器，在进气口加入少许机油，摇转曲轴数圈，然后装上空气滤清器。
5、拆下油箱，将其中的油、水全部放净，检查燃油系统是否存在水，并且排净。
6、放出水箱及水道内的污水，清洗水道，加入清洁的河水或煮沸后的井水至水浮子升起。打开油门开关，起动柴油机。柴油机起动后要注意观察机油指示器升起情况，倾听柴油机有无异常响声。经检查各部位正常否，磨合柴油机，磨合顺序时先怠速、后中速、再高速，运转时间各为５ｍｉｎ。磨合后停机放出机油。重新加入新机油，起动柴油机，中速运转５ｍｉｎ，即可进行正常使用。
7、拆开发电机，检查发电机内部的定子和转子，然后烘干后再装配。
备用电源柴油发电机使用人员必须注意在机组受潮后和潮湿的环境下，注意机组的保护，这样才能保证发电机组的正常工作。